В 1706 году по указу Петра I на северной окраине Москвы был заложен аптекарский огород. Это произошло одновременно с появлением Генерального военного госпиталя в Лефортове, хирургического училища и анатомического театра.
Основным его предназначением было снабжать сырьем армейские госпитали и аптеки, но туда нередко привозили диковинки — редкие деревья и кустарники. Если верить преданию, император сам посадил здесь лиственницу, ель и пихту.
Первым директором аптекарского огорода (1735–1742) стал выпускник Лейпцигского университета Трауготт Гербер — доктор медицины, знаток лекарственных растений. С 1799 года этот сад принадлежал Московской медико-хирургической академии. Слушатели Московской медицинской школы посещали занятия по ботанике, учебный курс длился шесть лет. После переезда академии в Санкт-Петербург в 1804-м огород перевели в собственность Московского университета, и в 1805 году он стал основой для второго университетского ботанического сада (прежний, на Моховой улице, к тому времени упразднили).
Ярче всего огород расцвел в период с 1873 по 1902 годы, когда его директором был Иван Горожанкин. В то время расширились научные связи, установили обмен растениями с ведущими ботаническими собраниями мира.
Путеводители по Москве начала ХХ века сообщали, что сад занимает обширную площадь и состоит из цветника, оранжерей, специального ботанического отделения и парка с прудом. Также при нем располагались лаборатория и библиотека с ценными фолиантами по растениеводству. В 1953 году было построено новое здание МГУ на Воробьевых горах (в то время они назывались Ленинскими). Там был основан новый ботанический сад, а «Аптекарский огород» стал его филиалом.
Специалисты стараются поддерживать первоначальный вид «Аптекарского огорода». Например, здесь есть старинный парк, который до сих пор сохраняет черты планировки XVIII века и ее последующих изменений, некоторые деревья в нем старше 250–300 лет. В частности, растущая на территории ива белая считается старейшим деревом в центральной части Москвы, а в оранжереях есть уникальные коллекции тропических и субтропических растений.
«Аптекарский огород» сегодня — одно из популярнейших мест отдыха. Здесь проводят концерты и вечера культуры, ежегодные весенние фестивали цветов, арт-перформансы, лекции, многочисленные мастер-классы и семинары.